本学区は、延暦13年京都に都が遷されてから開けた所で、左京永昌坊の第2坊に属し、主として貴紳の邸宅に当てられていた。

　今日まで史実に照らし数々の史跡を多く蔵しているが、中でも芸能文化の殿堂としての空也堂、天正10年6月2日（1581）戦国の武将織田信長が家臣明智光秀に不意打ちをかけられ最後を遂げた本能寺跡、 有名な山鉾蟷螂山があった。下って慶応4年戊辰8月京都府令書3に、「此度諸町番組左のとおり相定められ候、右は諸組の称呼相極め候迄にて全く番数をもって夫々等相極め候儀にはこれなく候條、 此旨相心得甲乙争い候の儀之あるまじく候事「辰8月」とあり、この布令書によると、上京45下京41の番になっている。そして本能学区の町名は、下京7番組に西橋浦町（西堀川三条下ル）・下京8番組に東橋浦町、 東壷屋町、西壷屋町、四坊堀川町、錦堀川町・下京9番組に池須町、柳水町、猩々町、本能寺町、六角油小路町、三条油小路町、元本能寺南町、橋東詰町、塩屋町、元本能寺町、越後町、越後突抜町、亀屋町、 三文字町・下京14番組に古西町東側、古西町西側（西洞院川のため）、藤本町、山田町、空也町、藤西町、蟷螂山町が属していた。

　明治2年正月下京の番組の改組があり、41の番組が35の番組になった。これが本学区の基礎となっている。

　明治5年5月下京第2区と呼称し、明治12年区を改めて下京第2組と称し、明治22年下京第2学区と称した。昭和4年下京第2学区を改めて、中京本能学区と呼ばれた。戦後学区制が廃止され元本能学区として 今日に至っている。現在、京都市の中心部にあって、東は西洞院通をもって元明倫学区に、西は堀川通をもって元乾学区に、南は四条通をもって元格致学区に、北は三条通をもって元城巽学区と境している。 東西420m、南北651mの矩形をなし、22町からなっている。

　本能寺については、その昔室町町時代のはじめ、妙顕寺第四世日斉の法弟日隆が応永22年（1415）に油小路高辻の地に本応寺を創立したが、妙顕寺第五世日明の徒により破壊されたので、永享5年（1433） 六角大宮の地に寺地を移し本能寺と改称された。

　天文5年（1536）の法難には、叡山の宗徒に焼かれ、しばらく堺の町に退いたが、同年伏見宮貞敦親王王子日承によって、西洞院と堀川の間の四条坊門の北の地に再興された。当時は34余の塔頭境内子院に 囲まれていた。天正10年6月2日、織田信長を攻めた明智光秀の兵火にあい一山の堂塔を失った。この本能寺の変により歴史上有名となった。後に信孝が、父信長の廟を建てるために、本能寺は、 再度この地に復興をみることとなったが、たまたま、豊臣秀吉の区画整理により、天正17年東京極（今の寺町）の三条坊門（今の御池南の地）に移された。

　また、京都名所案内記によると、本能寺は東は西洞院通、西は油小路通、南は錦小路通、北は六角通の間にあった大寺院と記されている。

　現在、蛸薬師通小川の西南角に「此付近本能寺跡」（大正4年京都市教育会建立・寄附者本能自彊会）の石塔が建っている。本校は以上のように、歴史的に名高いの一部に位置している。本校の校名の由来も、 またこれに起因している。

本能学区には古来数々の名水があり、茶湯に供されてきたといわれいる。とくに、柳水町東側の町名由来にもなった、織田信雄邸の『柳の水』。 壷屋町西側にあったと和名集に記された『富樫の水』。橋東詰町南側には日本記にある『小井』が有名である。

【越後神社】
　民家がぎっしり建ちづまった越後町には、ぽっかりと穴をあけたような空き地があって、『竜神さん』と『稲荷さん』のしょうしゃな社が仲よく並んでいる。 この『竜神さん』は今は埋め立てられて無くなった池の築山の真ん中にあり、その位置だけは少しも変わっていないといわれています。 　今から約120年前、広瀬治助という手描き友禅の名人が仕上げの水を竜神さんの池に求め、写し友禅を考案したといわれています。